Fléau social pour certains, psychose et nouvelle chasse aux sorcières pour d'autres, les sectes déchaînent passions et polémiques. Les tentatives d'analyses sont souvent considérées comme une prise de position pro ou antisecte. Ainsi Maurice Duval, auteur d'une enquête très controversée et plutôt conciliante à l'égard de la secte du Mandarom (Un ethnologue au Mandarom, Puf, 2002), se dit victime d'un « intégrisme laïc ».
L'émergence du phénomène sectaire participe en fait du mouvement très général de la dérégulation des croyances. La perte d'influence des grandes institutions religieuses s'est accompagnée d'une dissémination et d'une prolifération des croyances en tous genres. Les sectes, qui recouvrent une réalité fort disparate, prospèrent sur ce terreau, dans un univers pluraliste et désacralisé. Nombre d'entre elles, notamment les sectes dites intramondaines (qui veulent changer la société et tentent de s'y infiltrer), sont d'ailleurs bien souvent en phase avec certaines dérives de la modernité. L'Eglise raélienne s'est ainsi récemment engagée à marche forcée dans le clonage d'être humains, tandis que la scientologie, dévouée à une logique marchande, est quant à elle très en pointe dans le domaine des technologies, du marketing et de la communication.