L’occupation du sol sud-africain est ancienne. L’Australopithecus Africanus (4 à 1,2 millions d’années), fait ainsi partie des pré-hominidés découverts sur la côte orientale africaine, cette région comprise entre l’Afrique du Sud et l’Éthiopie et qui est considérée comme le berceau de l’humanité. Mais les plus anciens groupes d’humains « modernes » (sapiens) identifiés à ce jour en Afrique du Sud sont des migrants : des chasseurs-cueilleurs, les Sans, et des éleveurs, les Khoekhoe, autrefois appelés « Bushmen » et « Hottentots », aujourd’hui associés sous le nom de « Khoesan ». Les paléoanthropologues pensent que les Sans sont arrivés en Afrique australe il y a 150 000 ans, et les généticiens affirment qu’ils constituent le peuple aujourd’hui le plus proche du génome type à l’origine de tous les humains. Leur langue, composée de « clics », serait l’une des plus anciennes formes de communication humaine.
Viennent ensuite les Bantous et Sotho-Tswana, arrivés d’Afrique centrale par vagues entre les 11e et 18e siècles. Enfin, une dernière vague, avec les Européens : après que Bartolomeu Dias réussit l’exploit de contourner la pointe de l’Afrique en 1487, les Européens commercent avec les Khoesan du cap de Bonne-Espérance. Le site devient une étape sur la route des épices, jusqu’à l’installation d’un comptoir par les Néerlandais, puis la fondation de la ville du Cap en 1652 par des colons calvinistes de même origine, sous l’égide de la Compagnie néerlandaise des Indes orientales (VOC). Ils sont suivis par quelques huguenots réfugiés aux Provinces-Unies après la révocation de l’édit de Nantes par Louis XIV en 1685, ainsi que par des luthériens allemands. La colonie se développe en particulier grâce aux « citoyens libres » ou boers (fermiers en néerlandais), qui vendent leur récolte à la VOC. L’expansion se fait aussi grâce à l’apport d’esclaves venus des autres colonies néerlandaises de l’océan Indien et d’Afrique. Les Khoesan, eux, sont exclus des terres que prennent les colons.
Certains de ces colons néerlandophones, désireux de plus d’autonomie, partent s’installer vers l’est – d’où leur nom de Trekkers (qui vient du néerlandais trekken : « tirer ») et qui désigne les colons partant en convois de chariots « tirés » par de nombreux bœufs. Ils rencontrent les premiers Bantous, les Xhosa, ethnie de Nelson Mandela, et c’est vers 1779 que commence un siècle de guerres pour la possession des terres. Pratiquement à la même période, un grand mouvement de population bantoue se déroule à l’est, le long de la côte de l’océan Indien (le Mfecane), en réaction à la constitution de nouveaux empires, comme celui des Zoulous sous l’impulsion du roi Shaka, des Sotho de Moshoeshoe ou des Ndebele de Mzilikazi. Ces turbulences contribuent à redessiner les frontières.
L’avenir de l’Afrique du Sud se joue, également, dans les tensions entre Européens. La Grande-Bretagne s’empare en effet du Cap en 1795. Les colons néerlandophones s’adaptent à cette nouvelle tutelle, et les troupes britanniques s’allient aux Trekkers lors des dernières guerres contre les Xhosa. Mais en 1833 la Grande-Bretagne abolit l’esclavage, une décision qui prend également effet dans les colonies. Or, de nombreux Trekboers (des Boers, soit des fermiers qui partent avec tout ce qu’ils possèdent en trek), sont en possession d’esclaves, et n’acceptent pas cette situation. Ils franchissent une nouvelle fois la frontière pour s’enfoncer dans l’intérieur du pays en 1835. Ce « Grand Trek » va emmener par vagues plus de 10 000 Voortrekkers (ceux qui vont de l’avant en chariots à bœufs) au-delà du semi-désert du Karoo et des montagnes du Drakensberg. Le parcours de ces colons est difficile, les rencontres avec les Bantous sont tantôt pacifiques tantôt violentes. Ainsi le massacre du convoi du chef Piet Retief conduit, par représailles, à la défaite des Zoulous du roi Dingaan lors de la bataille de la rivière Ncome, la « rivière sanglante », le 16 décembre 1838, un événement fondateur de l’identité afrikaner.